En la colonia marciana Cuarta Tokio, se encuentra un aula con las mentes más brillantes de la Corporación Kirishina, liderando el desarrollo aeroespacial: A-TEC, dirigida por el genio ingeniero Kaito Sera, quien anticipa con entusiasmo la llegada de su nuevo miembro. Sin embargo, pronto se hace evidente que el estudiante transferido no es para nada ordinario: Nagisa Kiryuu, recién nombrado jefe de

En la colonia marciana Cuarta Tokio, se encuentra un aula con las mentes más brillantes de la Corporación Kirishina, liderando el desarrollo aeroespacial: A-TEC, dirigida por el genio ingeniero Kaito Sera, quien anticipa con entusiasmo la llegada de su nuevo miembro. Sin embargo, pronto se hace evidente que el estudiante transferido no es para nada ordinario: Nagisa Kiryuu, recién nombrado jefe de A-TEC y hermano menor del CEO de la corporación, ha sido enviado para clausurar el programa. Para mantener vivo el aula, Kaito y sus estudiantes trabajan desesperadamente para desarrollar un sucesor de su cohete más poderoso, el X-2; mientras tanto, Nagisa asciende en la escala corporativa persiguiendo su propia misión. A pesar de esto, sus batallas separadas pronto revelan que en la Corporación Kirishina hay mucho más de lo que se ve a simple vista. Classroom☆Crisis sigue a Kaito y Nagisa, así como a la hermana menor de Kaito, Mizuki, y a la piloto de pruebas de A-TEC, Iris Shirasaki, en una historia de intriga, guerra política y, contra todo pronóstico, romance. Mientras Nagisa y A-TEC se ven arrastrados cada vez más profundo en las conspiraciones de la Corporación Kirishina, las amistades crecen y los pasados se revelan mientras luchan por evitar la crisis de su aula.