Tras la conclusión del Koshien de la Preparatoria Vanguard, Kouji Ibuki comienza a tener nuevas pesadillas. Nome Tatsunagi hace que Suiko lo convoque a la mansión, donde descubren que puede ver una Torre Oscura llamada Santuario. El Santuario está alterando la línea de tiempo a lo largo de la historia, y la única forma de corregirlo es que Kouji primero corrija su error futuro. Ahora, Kouji y Suik

Tras la conclusión del Koshien de la Preparatoria Vanguard, Kouji Ibuki comienza a tener nuevas pesadillas. Nome Tatsunagi hace que Suiko lo convoque a la mansión, donde descubren que puede ver una Torre Oscura llamada Santuario. El Santuario está alterando la línea de tiempo a lo largo de la historia, y la única forma de corregirlo es que Kouji primero corrija su error futuro. Ahora, Kouji y Suiko deben viajar al mundo paralelo -if- y observar cómo las Chicas Mágicas Emi Sendou y Shuka convocan unidades de Vanguard para ayudar a corregir la historia. Lamentablemente, las dos no pueden ayudar mucho, ya que luchar con cartas contra monstruos reales no sirve de mucho.