En el futuro, la humanidad se ha expandido y colonizado otros planetas. Entonces, una especie alienígena, Victim, ataca las colonias humanas, dejando solo un planeta, Zion. En un esfuerzo por detener a Victim antes de que destruya el último planeta, se establece una escuela de entrenamiento, GOA, para reunir a jóvenes de las colonias de Zion y entrenarlos para convertirse en pilotos de las Ingrids

En el futuro, la humanidad se ha expandido y colonizado otros planetas. Entonces, una especie alienígena, Victim, ataca las colonias humanas, dejando solo un planeta, Zion. En un esfuerzo por detener a Victim antes de que destruya el último planeta, se establece una escuela de entrenamiento, GOA, para reunir a jóvenes de las colonias de Zion y entrenarlos para convertirse en pilotos de las Ingrids, también conocidas como Las Diosas, cinco robots de combate que protegen Zion. Los jóvenes deben poseer un tipo de sangre raro, EO, así como una habilidad especial, o EX. Zero (Candidato 88) acaba de llegar a GOA cuando cae en la cabina de la Ingrid Eeva-Leena. Dado que la sincronización entre piloto e Ingrid es muy sensible, todos creen que la Diosa matará a Zero en un intento de sincronizarse. Justo antes de que Zero pierda el conocimiento, logra una sincronización completa con la Diosa. Antes de que pueda averiguar más sobre el incidente, comienza su entrenamiento de piloto.