En una serie de eventos diferente, esta historia no sigue el canon de las películas anteriores de Appleseed (a pesar de ser dirigida por el mismo director de las películas previas); es una historia alternativa a sus inicios. Briareos ya es un cyborg y no se separó de Deunan para reunirse más tarde en Olympus y unirse a ESWAT. Appleseed Alpha representa los primeros días de Deunan Knute y Briareos

En una serie de eventos diferente, esta historia no sigue el canon de las películas anteriores de Appleseed (a pesar de ser dirigida por el mismo director de las películas previas); es una historia alternativa a sus inicios. Briareos ya es un cyborg y no se separó de Deunan para reunirse más tarde en Olympus y unirse a ESWAT. Appleseed Alpha representa los primeros días de Deunan Knute y Briareos en el siglo XXII, mientras se embarcan en un viaje a través de las ruinas distópicas de Nueva York en busca de la ciudad de Olympus. Son contratados por Two Horns, el señor de la guerra de la ciudad en ruinas, para eliminar máquinas de combate bípedas. Durante la pelea, se encuentran con Iris y Olson, ambos en una misión. Deunan y Briareos se hacen amigos de ellos y deciden unirse a su misión. Iris tiene la tarea de evitar que el malévolo cyborg Talos capture un arma secreta que los humanos estaban construyendo. Talos utiliza a Iris para activar la gigantesca máquina de guerra.