Thunderbirds 2086 transcurre aproximadamente veinte años después de la serie original (generalmente se acepta que tuvo lugar alrededor de 2065, aunque otras fechas se muestran en pantalla) y narra las aventuras de los Thunderbirds, un equipo de rescate que trabaja para la Organización de Rescate Internacional (IRO, por sus siglas en inglés). A diferencia del International Rescue original, que era

Thunderbirds 2086 transcurre aproximadamente veinte años después de la serie original (generalmente se acepta que tuvo lugar alrededor de 2065, aunque otras fechas se muestran en pantalla) y narra las aventuras de los Thunderbirds, un equipo de rescate que trabaja para la Organización de Rescate Internacional (IRO, por sus siglas en inglés). A diferencia del International Rescue original, que era a pequeña escala y orientado a la familia, la IRO es una organización vasta que comprende numerosas ramas y está supervisada por la Federación, el equivalente en 2086 de las Naciones Unidas. No se identifican conexiones históricas directas entre las dos series, pero se puede asumir que el International Rescue original evolucionó a su encarnación de 2086 a lo largo de esos treinta años. La familia Tracy no se menciona en la serie animada. En la serie animada, el equipo en sí se conoce como los Thunderbirds, mientras que en la serie original el nombre solo se refería a sus vehículos. La serie animada es, por lo demás, muy similar a la original, con la mayoría de los episodios girando en torno a un desastre natural o provocado por el hombre que el equipo Thunderbirds debe investigar y ayudar a resolver. A diferencia de la serie original, Thunderbirds 2086 también tiene un arco argumental continuo que gira en torno a un grupo separatista de independencia conocido como Shadow Axis, liderado por el misterioso Star Crusher. En la serie hay una fuerte insinuación de que Star Crusher no es humano y podría ser algún tipo de entidad alienígena.