La historia se desarrolla en el año 2050 d.C., y la humanidad ha estado avanzando constantemente su tecnología espacial. Sin embargo, el planeta es atacado repentinamente por un misterioso enemigo: las fuerzas de Eldar, que provienen de 250 años en el futuro. En su tiempo, el año 2300 d.C., su planeta Eldar fue invadido por la Tierra y derrotado contundentemente por la Trinity Energy de la Tierra,

La historia se desarrolla en el año 2050 d.C., y la humanidad ha estado avanzando constantemente su tecnología espacial. Sin embargo, el planeta es atacado repentinamente por un misterioso enemigo: las fuerzas de Eldar, que provienen de 250 años en el futuro. En su tiempo, el año 2300 d.C., su planeta Eldar fue invadido por la Tierra y derrotado contundentemente por la Trinity Energy de la Tierra, una misteriosa energía utilizada en su armamento que posee un poder muchas veces superior al de una bomba de hidrógeno. El objetivo del pueblo Eldar es robar esta Trinity Energy antes de que pueda ser utilizada en su contra. Las fuerzas Eldar comienzan apoderándose de Ío, la luna de Júpiter, uno de los lugares a los que la humanidad ha emigrado para entonces. Después de eso, comienzan a atacar Trinity City con sus legiones de Cosmosauruses para robar la Trinity Energy. Toshiya y sus amigos usan a God Sigma para proteger el planeta y la Trinity Energy, y la batalla evoluciona hacia una larga guerra para recuperar Ío.