En el año 1600, en el campo de batalla cubierto de niebla de Sekigahara, se libró una feroz batalla entre dos espadachines ejemplares. Uno era Kyoushirou Mibu, un guerrero hábil y noble en posesión de los poderes únicos del Clan Mibu. El otro era el asesino de mil hombres, con ojos y cabello del color de la sangre, "Ojos de Demonio" Kyou. Su legendario choque fue interrumpido cuando un meteorito d

En el año 1600, en el campo de batalla cubierto de niebla de Sekigahara, se libró una feroz batalla entre dos espadachines ejemplares. Uno era Kyoushirou Mibu, un guerrero hábil y noble en posesión de los poderes únicos del Clan Mibu. El otro era el asesino de mil hombres, con ojos y cabello del color de la sangre, "Ojos de Demonio" Kyou. Su legendario choque fue interrumpido cuando un meteorito del cielo cayó sobre ese campo de batalla, haciendo que ambos desaparecieran. Samurai Deeper Kyou comienza cuatro años después de esa batalla, cuando una cazarrecompensas armada con pistolas llamada Yuya Shiina persigue a Kyoushirou, ahora un pervertido curandero ambulante que ha acumulado una gran deuda. En su camino para reclamar su recompensa, son atacados por un monstruo inhumano que busca devorar a Kyoushirou. Este encuentro despierta a "Ojos de Demonio" Kyou, cuya mente ha estado atrapada dentro del cuerpo de Kyoushirou desde aquella fatídica batalla. Así comienza una gran historia de dos espadachines legendarios y el descubrimiento de sus secretos.