Sinopsis

Un pez dorado se escapa de casa y flota a la espalda de una medusa. Tras quedar atrapada en un frasco de vidrio, llega a la orilla, donde es liberada por Sousuke, un niño de cinco años que vive con su madre Lisa en una casa junto al mar mientras su padre Koichi trabaja en un barco pesquero. Después de curar un corte en el dedo de Sousuke lamiéndolo, el pez dorado recibe el nombre de Ponyo por su nuevo amigo. Sin que Sousuke lo sepa, Ponyo ya tiene nombre y familia. Su padre Fujimoto, un hechicero que renunció a su humanidad para vivir bajo el agua, busca frenéticamente a su hija Brunhilde. Al ser encontrada y capturada, Ponyo rechaza su nombre de nacimiento y declara que quiere convertirse en humana. Usando el poder recibido de la sangre de Sousuke, crece brazos y piernas y escapa a la superficie una vez más. Pero la magia liberada en el océano causa un desequilibrio en la naturaleza, provocando que la Luna comience a salirse de su órbita y las mareas se vuelvan peligrosamente fuertes. Reunido con Ponyo, Sousuke debe pasar una prueba ancestral para restaurar el orden en el mundo y permitir que su compañera viva como humana.