Lamune cuenta la historia de un chico llamado Kenji y su amiga de la infancia Nanami. Aunque todos parecen saber que tienen una relación, ninguno está decidido a ir más allá de ser solo amigos cercanos. La historia transcurre a través de flashbacks, explicando por qué son tan buenos amigos y cómo cualquier acción parece no separarlos, sino acercarlos.