Tras la muerte de Saizou, el severo abuelo y maestro ninja de Iga de Kabamaru, una anciana, Ran Ookubo, afirma haber recibido una carta de él pidiéndole que cuide a su nieto. Así que Kabamaru huye con la Señora Ookubo a la gran ciudad de Tokio para darse un festín de yakisoba, ramen, chow mein, y asistir a una escuela normal, que resulta tener sus propias peculiaridades extrañas.