En algún momento del siglo XXI en la Tierra, el Galaxy Express 999 con destino a Great Andromeda está a punto de partir. Una misteriosa chica, Jula, aparece de repente frente a Maetel y Tetsuro, quienes están visitando un museo. Tras predecir la caída de la raza humana, Jula desaparece en el espacio exterior. Maetel y Tetsuro la siguen a bordo del 999. Tetsuro encuentra a Jula en el asteroide Itok

En algún momento del siglo XXI en la Tierra, el Galaxy Express 999 con destino a Great Andromeda está a punto de partir. Una misteriosa chica, Jula, aparece de repente frente a Maetel y Tetsuro, quienes están visitando un museo. Tras predecir la caída de la raza humana, Jula desaparece en el espacio exterior. Maetel y Tetsuro la siguen a bordo del 999. Tetsuro encuentra a Jula en el asteroide Itokawa, que una vez fue explorado por la sonda Hayabusa. Jula desaparece nuevamente en el espacio, pero su nave espacial se estrella contra un asteroide y cae a Júpiter. ¿Será capaz Tetsuro de rescatar a Jula? ¿Qué quiere decir Jula con la "caída de la raza humana"? Trascendiendo el espacio y el tiempo, esta es la saga del 999 viajando entre las estrellas de nuestro sistema solar.