Sinopsis

El año es 2065 y el planeta Tierra está muy lejos del lugar que alguna vez fue. Criaturas alienígenas mortales conocidas como Phantoms han aparecido por todo el planeta, y el simple contacto con estas entidades es letal, ya sea una muerte instantánea o un declive prolongado. Para intentar salvar lo poco que queda de la raza humana, se han construido grandes barreras de energía alrededor de ciertas ciudades para repeler a los Phantoms. Buscando una solución más permanente a esta invasión están las científicas Aki Ross y su mentora, la Dra. Sid, cuyas investigaciones han revelado que existe una forma de energía espiritual, la energía Gaia, que puede erradicar la presencia de los Phantoms de este mundo. Aki y Sid no están solas en su misión a través de Final Fantasy: The Spirits Within; el consejo humano y el escuadrón militar "Deep Eyes" están listos para ayudar. Sin embargo, no todos están convencidos con este plan. Aki, Sid, Grey y sus aliados deben unirse contra fuerzas tanto alienígenas como humanas si quieren tener alguna posibilidad de restaurar la paz en la Tierra. Un enemigo cuyo simple toque es fatal, los Phantoms parecen ser el enemigo más peligroso, pero como llegarán a descubrir, sus némesis humanos tampoco son para tomarlos a la ligera.