En 2035, ocurre un incidente conocido como "The Burst" en una instalación de investigación japonesa, dando origen a la "Matter", una sustancia que se expande, consume y replica a sí misma a gran velocidad. Serpentando a través de los restos de presas e instalaciones militares en el Desfiladero de Kurobe, la hostil Matter es asediada por fuerzas especiales que intentan impedir que llegue al océano

En 2035, ocurre un incidente conocido como "The Burst" en una instalación de investigación japonesa, dando origen a la "Matter", una sustancia que se expande, consume y replica a sí misma a gran velocidad. Serpentando a través de los restos de presas e instalaciones militares en el Desfiladero de Kurobe, la hostil Matter es asediada por fuerzas especiales que intentan impedir que llegue al océano y por mercenarios que buscan la verdad detrás de su existencia. Aiko Tachibana vive bajo constante vigilancia médica tras ser rescatada de la Matter. Pasa sus días esperando su recuperación haciendo aviones de papel. Pronto, su vida cotidiana en la escuela se ve alterada por la llegada del estudiante transferido Yuuya Kanzaki, quien procede a señalar una serie de inconsistencias con respecto a su cuerpo. ¿Por qué nunca se lesiona y por qué de repente ya no necesita su silla de ruedas? Él afirma que hay más en su existencia de lo que le han hecho creer, y que solo ella tiene la clave para acabar con The Burst. Con muchas facciones ahora interesadas en Aiko, ella y Yuuya deben reunir aliados y embarcarse en una peligrosa peregrinación al corazón del desfiladero infestado antes de que la red pueda cerrarse a su alrededor. Para escapar de la conspiración en su contra, la pareja debe enfrentarse a la Matter, un enemigo que fluye como el agua.